polenadisto: (bat)
2017-04-04 02:49 pm

Янтарные новости, или снова Пойнар

Прошла тут по СМИ (вот вам Индикатор, вот вам Батрахоспермум). Нашли, мол, клеща, возрастом пару-тройку десятков миллионов лет, а в нем - эритроциты млеков, а еще - паразитическое простейшее! Ссылаются на пресс-релиз Орегонского универа и на статью в Журнале медицинской энтомологии.

Ну, у меня уже нюх натренирован - чую, чую дух Джорджа Пойнара!!! И как есть - он, родимый!
Что тут интересно. Не то, что тут опять сверхнечеткие фотографии в статье, из которых делаются далеко идущие выводы (например, когда уважаемые медико-энтомологический журнал научится не брать непрофильные статьи или отдавать их на рецензии палеонтологам?). А то, что в пресс-релизе пишут, что протист тот, де, первая палеонаходка паразитов того же типа (не в такосономическом смысле), что и ныне живущие. А как же "нашумевшие" открытия Пойнара об уничтожении динозавров лейшманиями? Ужель признал критику?
Ну и до кучи - цитата из Индикатора:
«Мне хотелось бы достать немного ДНК из образца, но так я его разрушу… Так что я пока не пробовал», — сообщил биолог о своих будущих планах (отметим, что эритроциты млекопитающих в принципе не содержат ДНК. — Indicator.ru).
Вот не удивлен - персонаж ранее холерный вибрион вирусом обзывал.
polenadisto: (hairs)
2017-04-02 01:48 pm

De erratis usus mathematicae in biologia

Прислали мне тут вчера из сообщества "Углубленный биолог" вконтаче картиночку:


Ну, лучший коммент под нею в сообществе был, на мой взгляд, следующий (и не зря набрал самым залайканным оказался):
"никто не заставит применять статистику, если вообще не делать рисеч"

А я что? А я ничё: не применять статистику там, где надо - такая же ошибка, как применять ее неправильно, или применять там, где не надо. Последнее осознается гораздо реже, но от того проблемой быть не перестает.
А вообще, статья эволюциониста (антидарвиниста при том), энтомолога и статистика А.А. Любищева "Об ошибках в применении математики в биологии", опубликованная аж в 1969 г. в ЖОБе, не зря состоит из двух частей: "Ошибки от недостатка осведомленности" и "Ошибки, связанные с избытком энтузиазма" (и спасибо выложившим ее томским биостатистикам!). Там далеко не только про статистику, что-то сейчас устарело, где-то можно с автором поспорить - но статьи, безусловно, душеполезны.
polenadisto: (hairs)
2017-03-29 09:35 am

Вновь о медстатистике

Читал тут на днях статью в одном отечественном медицинском журнале (имена авторов, журнала и статьи не суть важны*). И до того там была отвратно изложена статистическая обработка данных, что у меня прямо в полночь бомбануло и я на подвернувшейся салфетке пересчитывал за них критерий Стьюдента. Благо там хватало данных, чтобы его пересчитать (хоть на том спасибо). А то ведь непонятно, чему верить: таблице, где для всех сравниваемых параметров стоит р>0.05, или тексту, где про один из них пишется, что "обращает на себя внимание достоверность различий". Оставим за скобками, что, как часто водится, пишут не само р-значение, а только больше оно 0.05 или нет** - так же гораздо проще в четвертый круг научного ада попасть, n'est-ce pas?


______________________
*см. Мк., 5:9
**Кстати, биологов, по-моему, до сих пор учат, что у медиков-де применяется уровень значимости 0.01 как более суровый.
polenadisto: (hairs)
2017-03-23 03:59 pm

Русскоязычные герои и антигерои современной биологии

Думая над результатами недавнего опроса Сергея Попова aka [livejournal.com profile] sergepolar о наших современниках, ассоциирующихся с астрономией (выводы здесь), решил провести расширенный вариант, посвященный биологии. Только мне интересны не только герои, ассоциирующиеся в положительном ключе, но и антигерои, ассоциирующиеся в отрицательном. И, как и у вдохновителя, опрос касается только русскоговорящих и русскопишущих (хотя бы они и не в России давно). Также мне интересно, как это зависит от того, насколько отвечающий относится к биологии - про это тоже есть вопрос. Ну и опциональные вопросы о поле и возрасте (вдруг и там наберется достаточная выборка).
Есть у меня некоторые гипотезы о результатах, но, естественно, пока их разглашать не буду.

Распространение приветствуется.

Ссылка на ГуглоФорму с опросом
polenadisto: (bat)
2017-03-22 10:23 am

Посадили два швейцарца 324 репки...

Вышла тут в Nature Communications статья о дивергентной эволюции репы в условиях разных опылителей: шмелей и мух-журчалок.
За десять поколений дивергенция случилась, причем не самая тривиальная. И статьей этой я прям-таки зачитался! Нет, вот правда - зачитался! Еще и в сопли (Supplemetary materials) сразу потянуло!
Не мог не написать новость для Элементов.

Мне вот еще что интересно: журчалки проявили себя как так себе опылители, репа там плюнула и стала придерживаться идей чучхе, самоопыляясь и апомиктируя. Но журчалки там так себе - некрупные балтеатусы, мало пушистые. Интересно, что было бы с какими-нибудь ильницами-эристалисами.
Ну и конечно, меня не могло не порадовать, что эксперименты проводились на репе - люблю я этот корнеплод, как кто-то уже знает. О том, поедали ли швейцарские ученые урожаи, не сообщается.
polenadisto: (hairs)
2017-03-21 12:04 pm

Гадят ли олень и еноты в правильных местах?

Двое экологов из Афин (которые не в Аттике, а в Огайо) опубликовали в "Ойкологии" статью о том, помогают ли животные распространению семян в подходящие для произрастания места посредством дефекации с семенами. Изучали они это на примере ноголистника как источника семян и белохвостых оленей и енотов как распространителей на юго-востоке этого самого Огайо. Исследовали распределение на местности (в лесу) участков, подхоящих и не подходящих для ноголистника, а потом учли экскременты звериные - и сравнили их распределение с таковым при случайном выборе точки дефекации. Что же вышло? Олени на 7-9% чаще гадят в подходящих для ноголистника местах, а вот еноты - всего лишь на 0-5% чаще. На основании чего делают вывод, что польза растению от животных - не в точности попадания, а в широте разноса.
polenadisto: (bat)
2017-03-19 02:33 pm

(no subject)

Вдруг пришло озарение, что самосовместимость, самоопыление и вообще апомиксис, возникающие часто в случае недостаточного опыления, суть вспомогательные репродуктивные технологии у растений!
polenadisto: (hairs)
2017-03-17 07:21 pm

О проверяемых предсказаниях теории эволюции

У Макса Тегмарка в "Нашей математической вселенной" нашел дивный пассаж про теорию эволюции и ее проверяемые предсказания:

"Удивляет ли вас, что физика видит реальность куда более странной, чем мы могли вообразить? На самом деле, это не так уж удивительно, если всерьез воспринимать дарвиновскую теорию эволюции! Эволюция наделила нас интуицией лишь в отношении тех аспектов физики, которые имели значение для выживания наших далеких предков, вроде параболических траекторий летящих камней (что объясняет наш интерес к бейсболу). Доисторическая женщина, слишком глубоко задумавшаяся о том, из чего в конечном счете состоит материя, могла не заметить подкрадывающегося тигра и выбыть из генофонда. Таким образом, теория Дарвина дает проверяемое предсказание: всякий раз, когда мы применяем технику, чтобы взглянуть на реальность за пределами человеческих масштабов, наша эволюционно выработанная интуиция дает сбой. Мы неоднократно проверяли это предсказание, и результаты безоговорочно свидетельствуют в пользу Дарвина."
polenadisto: (bat)
2017-03-17 09:11 am

К вопросу о предсказуемости путей эволюции

"Пути Господни не отмечены в картах, На них не бывает ГАИ," - поет Борис наш Борисыч. А что там с эволюцией? Да по-разному бывает.

На "Элементах" новую новость мою выложили, про то, как главный нынешний эволюционный экспериментатор Ричард Ленски (он там, правда, не первый и не последний автор) исследовал генетические основы адаптации кишечной нашей палочки, И нашей, Г-споди прости, колай к разным температурным режимам. Оказался результат довольно-таки воспроизводимым. Не сам факт адаптации - а именно задействованные гены, свои для разных температур.
Правда, там нигде не обсуждается, что это - лабораторная линия с заведомо сниженной изменчивостью. И меня удивило, что никаких современных биоинформатических "следов отбора" не искали, а делали "на глаз" (впрочем, сделали нормально).

Ну и еще забавность. Сами опыты еще в начале 90-х были сделаны, и результаты опубликованы. А нового - результаты секвенирования.
polenadisto: (bat)
2017-03-16 12:00 pm

Радиорассказ о биологической номенклатуре (українською мовою)

Биологическая номенклатура часто представляется некой не очень нужной бюрократией, чуждой духу науки (она действительно во многом от юриспруденции). Однако наобщавшись с систематиками, я убедился в ее надобности - и даже определенном шарме.

Да так, что всё хочу написать в "Квантик" про названия и называния животных и растений. Чтобы рассказать там, и почему на латыни, и как быть с русскими (и любыми иноязычными) названиями, и какие бывают коллизии с названиями.
Но я - хочу, но пока не сделал (и вряд ли раньше осени, думается мне, доберусь).
А вот коллега-энтомолог Валерий Корнеев из киевского Института зоологии поведал о номенклатуре в научно-популярной радиопередаче "Точка опоры" (Точка опори). И вот это для меня - едва ли не единственный попнаучный рассказ на эту тему, рассчитанный на широкую аудиторию.

Я ее вконтактике прослушал, как сюда плеер вставить - не знаю, но, вот по этой ссылке можно из вк прослушать.
polenadisto: (bat)
2017-03-11 01:14 pm

Семинар "Вопросы эволюции" №46

Так получается, что эволюция определения пола в последнее время становится все более интересующей меня темой (а началось все с половых полиморфизмов растений, но и животных захватило - правда, вылилось пока только в недавнюю новость на Элементах про мокриц). Это самое определение пола меняется удивительно легко, но вот точные причины и механизмы еще предстоит доизучить.

Оригинал взят у [livejournal.com profile] macroevolution в Семинар "Вопросы эволюции" №46


This entry was originally posted at http://macroevolution.dreamwidth.org/227188.html. Please comment there using OpenID.
polenadisto: (bat)
2017-03-07 09:42 am

Бассейны, трубы и компоненты дисперсии

Я уже как-то писал о том, что использование дисперсии в качестве основного показателя разброса, несмотря на ее несоизмеримость с описываемой величиной, основывается на том, что ее можно раскладывать на независимые компоненты. Так в дисперсионном анализе и факторном анализе вычленяют вклад отдельных факторов, в количественной генетике фенотипическую дисперсию разлагают на генетическую (а ту - на аддитивную, доминантную, эпистатическую...) и фенотипическую (ну еще и на взаимодействие генотип-среда, да).

Школьникам-"биологам" нелегко бывает понять, "зачем так". В итоге придумал им такую задачу, модифицировав известный им тип (услышав зачин, многие начинают выть):
К бассейну подсоединены две трубы: по одной вода втекает, по другой - вытекает. При этом пропускная способность труб переменна во времени: у вносящей трубы средняя составляет 4,5 л/мин, у выносящей - 4 л/мин, а дисперсии соответсвенно равны 1 л2/мин2 и 0,5 л2/мин2. Чему равна средняя скорость наполнения бассейна и ее дисперсия, если пропускные способности выносящей и вносящей труб меняются независимо?

Тут еще, исходя из свойств дисперсии, предполагается догадаться, что дисперсия разности независимых случайных величин равна сумме их дисперсий.
polenadisto: (hairs)
2017-03-03 11:03 am

Боитесь ли вы опасности из космоса?

В феврале в АрКСиве вышло аж две статьи, посвященных космогенным катаклизмам.
Одна оценивает людские потери от падения астероида (с формулами, есть расчет влияния отдельных поражающих факторов). Другая описывает воздействия на земную жизнь вспышки сверхновой в 50 парсеках от Солнечной системы (за последние несколько миллионов лет такие пару раз бабахали).
polenadisto: (hairs)
2017-03-02 10:45 am

(no subject)

Тут в "Натуре" вышла статья о новых древнейших свидетельствах существования живых организмов. Причем более достоверных, чем смещенные соотношения изотопов - и более "зримых", это микроструктуры в отложениях гематита, найденные в канадской формации Нуввуагитук (Nuvvuagittuq).

В абстракте статьи английским по белому написано, что возраст формации (и находок, соответственно) - по крайней мере 3,770 млрд. лет и, возможно, 4,280 млрд. Нехилый разброс в полмиллиарда лет, но тут ничего не поделаешь.

Так вот. Само открытие интересное, хотя, наверное, не сногсшибательное - уже много указаний на то, что жизнь появилась довольно рано на нашей планете. Я же про другое написать хотел. Как эту новость освещают СМИ, касательно вопроса о возрасте. В Газете.Вру в брифе (не все же дальше читать полезут) - "возраст ... насчитывает до 4,3 млрд лет", а на Индикаторе в первом предложении - "возрастом 3,8 млрд. лет". При этом дальше в теле заметок везде приведен разброс из статьи. Интересно, как другие напишут.
polenadisto: (hairs)
2017-02-23 11:23 am

Древесная дискретка

Студенты, обучаемые биоматематике, прониклись тем, что в теории графов термины звучат как бытовые слова.
Изучали с ними деревья (которые связные графы без циклов) и упомянул в качестве хохмы, что граф, состоящий из нескольких деревьев, называется лесом (не много литературы читал, но кроме цитированного уже по этому поводу учебника Оре, нигде его не встречал). Рассказал и про то, что если выделить в дереве отдельную вершину, называемую корнем, то дерево станет укорененным (это-то термин биологам знаком, он в филогенетике применяется). И что висячие вершины в дереве называются листьями.
Ну и студенты, оказывается, додумалась, что подграф, полученный из дерева путем удаления вершины-корня, можно называть дровами. Что интересно, в этом случае дрова являются частным случаем леса.
polenadisto: (hairs)
2017-02-22 10:38 am

(no subject)

НАСА тут пресс-конференцию анонсировало/а по поводу какого-то открытия в сфере исследования экзопланет. И все ждут, что это будет что-то про внеземную жизнь. И не просто очередные планеты с подходящими условиями. А, может, "биомаркеры" какие.
Ну то есть как "все". И как "ждут". Бурного обсуждения по СМИ, особенно профильным, нету. Инсайдерской информации - никакой, как я понимаю (что при определенной степени конспирологичности можно воспринять и как указание на то, что чуть ли не инопланетян увидели) - не то, что с гравитационными волнами было!
Так что как-то, наверное, можно помечтать, не особо себя этим занимая. Ждать-то в любом случае недолго - чуть более одиннадцати часов.

Мне, кстати, не очень привычно вообще, когда по поводу научных открытий пресс-конференции созывают. Но мне даже нравится иногда.
polenadisto: (bat)
2017-02-21 12:31 pm

Замерзшие суслики, А.И. Солженицын - и успехи российской зоологии.

Чего-то научные журналисты наши не заметили, что в Nature Scientific Reports вышла статья наших зоологов об исследовании суслика из вечной мерзлоты возрастом 30 000 лет, найденного в 1946 "безвестным узником Гулага" (о нем еще Солженицын писал в "Архипелаге" - собственно, с цитаты оттуда статья и начинается, и в списке литературы Александр Исаевич есть). Его в середине прошлого века посчитали принадлежащим к отдельному виду Urocitellus glacialis, однако описываемое исследование показало, что по митохондриальной ДНК никакого отграничения нет, а напротив - наблюдается непрерывная изменчивость к современному Urocitellus parryii.
Авторов поздравляю с успехом!
polenadisto: (bat)
2017-02-10 04:08 pm

Японское ботаническое порно с роботами

Ну всё, ребятки! Это даже не трынцец, это трында!
Еще во времена Великого Кормчего было показано, что китайские крестьяне более эффективны в опылении яблонь, чем пчелы*. Теперь вот вечные заморские соперники Срединного государства - Страна Восходяшего солнца, то бишь - сделала роботов-опылителей.

И вот после того, как я отсмотрел кучу видосов с насеками на веронике дубравной, где там живые насекомые на живых цветах - кто нектра сосет, кто пыльцой обмазывается - а тут видео, где дрон опыляет лилию.



Да, это как есть и ботаническое порно с роботами. И кто это придумал, что характерно?

Подробности можно уэнать и на Индикаторе, и на N+1 (последняя подробнее).

________________
*Была такая история, что по случаю какой-то очередной кампании борьбы с кем-то вредным пропали в какой-то провинции пчелы. Ну так выгнали местных крестьян с кисточками - и выяснилось, что от такого опыления продуктивность плодово-ягодных только возросла. Считается, что за счет большей методичности и последовательности.
polenadisto: (hairs)
2017-02-09 06:40 pm

Новости научных публкаций

Как-то летом мне прислал статью на рецензию некий индонезийский журнал Biodiversitas. Статья мне понравилась идеей (ничего выдающегося, но дело хорошее) и не понравилась реализацией. Я написал, что к чему, журнал меня поблагодарил - и всё кончилось.

Но вот сегодня эти индонезийцы опять проявились - мне прислали - ни много ни мало! - сертификат, подтверждающий, что я внес значимый вклад в этот журнал как рецензент. Вот как этот чудо-документ выглядит:


Статья сама в открытом доступе, можно почитать - и я почитал и понял, что из моих замечаний они только какие-то минорные исправили. Не то, чтобы я ждал иного, но просто интересно было. Собственно, я бы не удивился, что совсем не исправили.

А сертификат рецензента - это ж охренеть, да. Надо распечатать и повесить.
Кстати, они мне прислали только ссылку на ГуглоДиск, где эти сертификаты были свалены, надо было найти в другом файле свой номер как рецензента и загрузить его.
polenadisto: (глазъ)
2017-02-05 12:29 am

Про начала

Увидел сегодня в школе учебник "Начала химии" (сколько раз я его видел!) - и осознал, что любовь к "началам" распространена среди более-менее "точных" наук. Начала матанализа, химии, физики, механики - это привычно звучит. А вот "начала биологии" звучат странно. Или там "начала филологии" или "начала истории".

Просится связь с тем, что эта традиция восходит к Евклиду с его "Началами" и Ньютону с его "Началами" (которые "Математические начала натуральной философии", но их так часто сокращают). Кстати, это в русском варианте они омонимичны: в латинских вариантах у Евклида Elementa (насколько понимаю, прямой перевод греческого оригинала Στοιχεία), а у Ньютона - Principia. И слова эти вроде бы не синонимичны ([livejournal.com profile] d_catulus поправил, что в данном контексте таки синонимичны).